三周目是口袋妖怪白金光中神兽捕捉与最终挑战的核心阶段。玩家需先激活神兽剧情，通过击败特定NPC获取通行证，例如在雪柔市战胜大吾获得橘子通行证，随后前往御龙市右侧山洞击败渡。方圆市的冬酿森林入口可捕捉40级毕力吉翁，出口右侧草地则有50级洁米。翡翠市上方冲浪可遇40级红水都，临港市左侧海域或方圆市右侧湖中可捕捉蓝水都。
黄绮岛左侧有50级黄圣菇，垂暮森林左下角可遇红圣菇，方圆市左侧草地藏有蓝圣菇。古拉顿位于隐蔽山洞深处，需从临港市不起眼的小路进入。垂暮市特定房屋内按A键进入梦境世界捕捉达克莱伊，下方森林入口可获雪拉比。岩神柱与冰神柱分别位于祁连洞窟和冰暴洞窟，需攀岩抵达深处。
后期神兽包括御龙市416号道路尽头的50级酋雷姆，蒸汽团基地左侧门内的超梦，以及斑斓市左侧湖边的梦幻。泽理联盟左侧潜水区域可捕捉玛娜菲。二周目地图中的炽炎森林、席多蓝恩洞穴分别有炎帝与火钢兽，青瓷市热气球可抵达彩虹山谷捕捉凤王。静谧市陨石坑与空之谷分别产出代欧奇希斯和裂空座。
完成神兽收集后，前往方圆市乘坐火车挑战世界联盟。联盟前三场对手精灵等级为60至70级，最终需战胜持有6只100级精灵的智爷。胜利后解锁技能与树果商店，分别位于泽理联盟与洛林联盟四天王房间。此阶段需注重队伍属性搭配与技能克制，合理使用恢复道具确保持久作战能力。
三周目核心在于探索与策略，玩家需耐心触发剧情并掌握神兽出现规律。部分汉化版存在热气球BUG，需切换英文版串档解决。攻略过程中建议优先提升队伍等级，并携带足够的高级球与状态恢复道具以应对高难度捕获与战斗。
